NVIDIA proporcionará una licencia gratuita de 90 días a Parabricks a cualquier investigador en el esfuerzo mundial para combatir el nuevo coronavirus. Basado en el conocido Genome Analysis Toolkit, Parabricks usa GPU para acelerar hasta 50 veces el análisis de datos de secuencia.
Reconocemos que esta pandemia está evolucionando, por lo que controlaremos la situación y ampliaremos la oferta según sea necesario.
Si tiene acceso a las GPU NVIDIA, complete este formulario para solicitar una licencia de Parabricks.
Para los investigadores que trabajan con datos de lectura larga de Oxford Nanopore, un repositorio de herramientas aceleradas por GPU está disponible en GitHub. Además, las siguientes aplicaciones ya tienen incorporada la aceleración de GPU NVIDIA: Medaka, Racon, Raven, Reticulatus, Unicycler.
Los investigadores están secuenciando tanto el nuevo coronavirus como los genomas de las personas afectadas con COVID-19 para comprender, entre otras cosas, la propagación de la enfermedad y quién es el más afectado. Pero analizar secuencias genómicas requiere tiempo y fuerza muscular.
Acelerar la ciencia ha sido durante mucho tiempo parte de la misión central de NVIDIA. El equipo de Parabricks se unió a NVIDIA en diciembre, proporcionando la última herramienta para ese trabajo. Puede reducir el tiempo para la variante de llamadas en un genoma humano completo de días a menos de una hora en un solo servidor.
Dada la propagación sin precedentes de la pandemia, obtener resultados en horas versus días podría tener un impacto extraordinario en la comprensión de la evolución del virus y el desarrollo de vacunas.
NVIDIA está invitando a nuestra familia de socios a unirse a nosotros para hacer coincidir este esfuerzo urgente para ayudar a la comunidad de investigación. Estamos en conversaciones con proveedores de servicios en la nube y centros de supercomputación para proporcionar recursos informáticos y acceso a Parabricks en sus plataformas.
https://blogs.nvidia.com/blog/2020/03/19/coronavirus-research-parabricks/
